biobb_structure_utils

• utils package
  • Submodules
  • utils.cat_pdb module
    • CatPDB
      • CatPDB.launch()
    • cat_pdb()
    • main()
  • utils.closest_residues module
    • ClosestResidues
      • ClosestResidues.launch()
    • closest_residues()
    • main()
  • utils.extract_atoms module
    • ExtractAtoms
      • ExtractAtoms.launch()
    • extract_atoms()
    • main()
  • utils.extract_chain module
    • ExtractChain
      • ExtractChain.launch()
    • check_format_chains()
    • extract_chain()
    • main()
  • utils.extract_heteroatoms module
    • ExtractHeteroAtoms
      • ExtractHeteroAtoms.launch()
    • extract_heteroatoms()
    • main()
  • utils.extract_residues module
    • ExtractResidues
      • ExtractResidues.launch()
    • extract_residues()
    • main()
  • utils.remove_molecules module
    • RemoveMolecules
      • RemoveMolecules.launch()
    • main()
    • remove_molecules()
  • utils.extract_model module
    • ExtractModel
      • ExtractModel.launch()
    • check_format_models()
    • extract_model()
    • main()
  • utils.extract_molecule module
    • ExtractMolecule
      • ExtractMolecule.create_command_list()
      • ExtractMolecule.launch()
    • extract_molecule()
    • main()
  • utils.remove_ligand module
    • RemoveLigand
      • RemoveLigand.launch()
    • main()
    • remove_ligand()
  • utils.remove_pdb_water module
    • RemovePdbWater
      • RemovePdbWater.launch()
    • main()
    • remove_pdb_water()
  • utils.renumber_structure module
    • RenumberStructure
      • RenumberStructure.launch()
    • main()
    • renumber_structure()
  • utils.sort_gro_residues module
    • SortGroResidues
      • SortGroResidues.launch()
    • main()
    • sort_gro_residues()
  • utils.str_check_add_hydrogens module
    • StrCheckAddHydrogens
      • StrCheckAddHydrogens.launch()
    • main()
    • str_check_add_hydrogens()
  • utils.structure_check module
    • StructureCheck
      • StructureCheck.launch()
    • main()
    • structure_check()
• gro_lib package
  • Submodules
  • gro_lib.gro module
    • Gro
      • Gro.copy_atom_entry()
      • Gro.copy_atoms()
      • Gro.copy_residue_entry()
      • Gro.copy_residues()
      • Gro.read_gro_file()
      • Gro.remove_atom_entry()
      • Gro.remove_atoms()
      • Gro.remove_residue_entry()
      • Gro.remove_residues()
      • Gro.rename_atoms()
      • Gro.rename_residues()
      • Gro.renumber_atoms()
      • Gro.replace_atom_entry()
      • Gro.select_atoms()
      • Gro.sort_residues()
      • Gro.sort_residues2()
      • Gro.write_gro_file()