biobb_structure_utils
Introduction & installation
API Documentation
Command Line Documentation
Changelog
biobb_structure_utils
Index
Index
C
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L
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M
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R
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S
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W
C
cat_pdb() (in module utils.cat_pdb)
CatPDB (class in utils.cat_pdb)
check_format_chains() (in module utils.extract_chain)
check_format_models() (in module utils.extract_model)
closest_residues() (in module utils.closest_residues)
ClosestResidues (class in utils.closest_residues)
copy_atom_entry() (gro_lib.gro.Gro method)
copy_atoms() (gro_lib.gro.Gro method)
copy_residue_entry() (gro_lib.gro.Gro method)
copy_residues() (gro_lib.gro.Gro method)
create_command_list() (utils.extract_molecule.ExtractMolecule method)
E
extract_atoms() (in module utils.extract_atoms)
extract_chain() (in module utils.extract_chain)
extract_heteroatoms() (in module utils.extract_heteroatoms)
extract_model() (in module utils.extract_model)
extract_molecule() (in module utils.extract_molecule)
extract_residues() (in module utils.extract_residues)
ExtractAtoms (class in utils.extract_atoms)
ExtractChain (class in utils.extract_chain)
ExtractHeteroAtoms (class in utils.extract_heteroatoms)
ExtractModel (class in utils.extract_model)
ExtractMolecule (class in utils.extract_molecule)
ExtractResidues (class in utils.extract_residues)
G
Gro (class in gro_lib.gro)
gro_lib.gro
module
L
launch() (utils.cat_pdb.CatPDB method)
(utils.closest_residues.ClosestResidues method)
(utils.extract_atoms.ExtractAtoms method)
(utils.extract_chain.ExtractChain method)
(utils.extract_heteroatoms.ExtractHeteroAtoms method)
(utils.extract_model.ExtractModel method)
(utils.extract_molecule.ExtractMolecule method)
(utils.extract_residues.ExtractResidues method)
(utils.remove_ligand.RemoveLigand method)
(utils.remove_molecules.RemoveMolecules method)
(utils.remove_pdb_water.RemovePdbWater method)
(utils.renumber_structure.RenumberStructure method)
(utils.sort_gro_residues.SortGroResidues method)
(utils.str_check_add_hydrogens.StrCheckAddHydrogens method)
(utils.structure_check.StructureCheck method)
M
main() (in module utils.cat_pdb)
(in module utils.closest_residues)
(in module utils.extract_atoms)
(in module utils.extract_chain)
(in module utils.extract_heteroatoms)
(in module utils.extract_model)
(in module utils.extract_molecule)
(in module utils.extract_residues)
(in module utils.remove_ligand)
(in module utils.remove_molecules)
(in module utils.remove_pdb_water)
(in module utils.renumber_structure)
(in module utils.sort_gro_residues)
(in module utils.str_check_add_hydrogens)
(in module utils.structure_check)
module
gro_lib.gro
utils.cat_pdb
utils.closest_residues
utils.extract_atoms
utils.extract_chain
utils.extract_heteroatoms
utils.extract_model
utils.extract_molecule
utils.extract_residues
utils.remove_ligand
utils.remove_molecules
utils.remove_pdb_water
utils.renumber_structure
utils.sort_gro_residues
utils.str_check_add_hydrogens
utils.structure_check
R
read_gro_file() (gro_lib.gro.Gro method)
remove_atom_entry() (gro_lib.gro.Gro method)
remove_atoms() (gro_lib.gro.Gro method)
remove_ligand() (in module utils.remove_ligand)
remove_molecules() (in module utils.remove_molecules)
remove_pdb_water() (in module utils.remove_pdb_water)
remove_residue_entry() (gro_lib.gro.Gro method)
remove_residues() (gro_lib.gro.Gro method)
RemoveLigand (class in utils.remove_ligand)
RemoveMolecules (class in utils.remove_molecules)
RemovePdbWater (class in utils.remove_pdb_water)
rename_atoms() (gro_lib.gro.Gro method)
rename_residues() (gro_lib.gro.Gro method)
renumber_atoms() (gro_lib.gro.Gro method)
renumber_structure() (in module utils.renumber_structure)
RenumberStructure (class in utils.renumber_structure)
replace_atom_entry() (gro_lib.gro.Gro method)
S
select_atoms() (gro_lib.gro.Gro method)
sort_gro_residues() (in module utils.sort_gro_residues)
sort_residues() (gro_lib.gro.Gro method)
sort_residues2() (gro_lib.gro.Gro method)
SortGroResidues (class in utils.sort_gro_residues)
str_check_add_hydrogens() (in module utils.str_check_add_hydrogens)
StrCheckAddHydrogens (class in utils.str_check_add_hydrogens)
structure_check() (in module utils.structure_check)
StructureCheck (class in utils.structure_check)
U
utils.cat_pdb
module
utils.closest_residues
module
utils.extract_atoms
module
utils.extract_chain
module
utils.extract_heteroatoms
module
utils.extract_model
module
utils.extract_molecule
module
utils.extract_residues
module
utils.remove_ligand
module
utils.remove_molecules
module
utils.remove_pdb_water
module
utils.renumber_structure
module
utils.sort_gro_residues
module
utils.str_check_add_hydrogens
module
utils.structure_check
module
W
write_gro_file() (gro_lib.gro.Gro method)