Index

C

cat_pdb() (in module utils.cat_pdb) CatPDB (class in utils.cat_pdb) check_format_chains() (in module utils.extract_chain) check_format_models() (in module utils.extract_model) closest_residues() (in module utils.closest_residues)

ClosestResidues (class in utils.closest_residues) copy_atom_entry() (gro_lib.gro.Gro method) copy_atoms() (gro_lib.gro.Gro method) copy_residue_entry() (gro_lib.gro.Gro method) copy_residues() (gro_lib.gro.Gro method) create_command_list() (utils.extract_molecule.ExtractMolecule method)

E

extract_atoms() (in module utils.extract_atoms) extract_chain() (in module utils.extract_chain) extract_heteroatoms() (in module utils.extract_heteroatoms) extract_model() (in module utils.extract_model) extract_molecule() (in module utils.extract_molecule) extract_residues() (in module utils.extract_residues)

ExtractAtoms (class in utils.extract_atoms) ExtractChain (class in utils.extract_chain) ExtractHeteroAtoms (class in utils.extract_heteroatoms) ExtractModel (class in utils.extract_model) ExtractMolecule (class in utils.extract_molecule) ExtractResidues (class in utils.extract_residues)

G

Gro (class in gro_lib.gro)

gro_lib.gro (module)

L

launch() (utils.cat_pdb.CatPDB method) (utils.closest_residues.ClosestResidues method) (utils.extract_atoms.ExtractAtoms method) (utils.extract_chain.ExtractChain method) (utils.extract_heteroatoms.ExtractHeteroAtoms method) (utils.extract_model.ExtractModel method) (utils.extract_molecule.ExtractMolecule method) (utils.extract_residues.ExtractResidues method) (utils.remove_ligand.RemoveLigand method) (utils.remove_molecules.RemoveMolecules method) (utils.remove_pdb_water.RemovePdbWater method) (utils.renumber_structure.RenumberStructure method) (utils.sort_gro_residues.SortGroResidues method) (utils.str_check_add_hydrogens.StrCheckAddHydrogens method) (utils.structure_check.StructureCheck method)

M

main() (in module utils.cat_pdb) (in module utils.closest_residues) (in module utils.extract_atoms) (in module utils.extract_chain) (in module utils.extract_heteroatoms) (in module utils.extract_model) (in module utils.extract_molecule) (in module utils.extract_residues) (in module utils.remove_ligand) (in module utils.remove_molecules) (in module utils.remove_pdb_water) (in module utils.renumber_structure) (in module utils.sort_gro_residues) (in module utils.str_check_add_hydrogens) (in module utils.structure_check)

R

read_gro_file() (gro_lib.gro.Gro method) remove_atom_entry() (gro_lib.gro.Gro method) remove_atoms() (gro_lib.gro.Gro method) remove_ligand() (in module utils.remove_ligand) remove_molecules() (in module utils.remove_molecules) remove_pdb_water() (in module utils.remove_pdb_water) remove_residue_entry() (gro_lib.gro.Gro method) remove_residues() (gro_lib.gro.Gro method)

RemoveLigand (class in utils.remove_ligand) RemoveMolecules (class in utils.remove_molecules) RemovePdbWater (class in utils.remove_pdb_water) rename_atoms() (gro_lib.gro.Gro method) rename_residues() (gro_lib.gro.Gro method) renumber_atoms() (gro_lib.gro.Gro method) renumber_structure() (in module utils.renumber_structure) RenumberStructure (class in utils.renumber_structure) replace_atom_entry() (gro_lib.gro.Gro method)

S

select_atoms() (gro_lib.gro.Gro method) sort_gro_residues() (in module utils.sort_gro_residues) sort_residues() (gro_lib.gro.Gro method) sort_residues2() (gro_lib.gro.Gro method)

SortGroResidues (class in utils.sort_gro_residues) str_check_add_hydrogens() (in module utils.str_check_add_hydrogens) StrCheckAddHydrogens (class in utils.str_check_add_hydrogens) structure_check() (in module utils.structure_check) StructureCheck (class in utils.structure_check)

U

utils.cat_pdb (module) utils.closest_residues (module) utils.extract_atoms (module) utils.extract_chain (module) utils.extract_heteroatoms (module) utils.extract_model (module) utils.extract_molecule (module)

utils.extract_residues (module) utils.remove_ligand (module) utils.remove_molecules (module) utils.remove_pdb_water (module) utils.renumber_structure (module) utils.sort_gro_residues (module) utils.str_check_add_hydrogens (module) utils.structure_check (module)

W

write_gro_file() (gro_lib.gro.Gro method)